Il fit face à la censure dès 1970 : le ministre de l’Intérieur de l’époque, Raymond Marcellin, estimait que son film Un Condé salissait l’honneur de la police, parce qu’il faisait dire à un personnage que « tous les flics sont des ordures », et qu’il mettait en scène un interrogatoire musclé. Il fallut six mois pour obtenir l’autorisation de sortie. Dans son film L’Attentat, en 1972, Boisset dénonçait la collaboration entre la police de De Gaulle et la police marocaine, qui avait abouti à l’assassinat de l’opposant Ben Barka en 1965. Là aussi, la préfecture de police multiplia les entraves, refusant entre autres d’accorder les autorisations de tourner. Quant à R.A.S., sorti en 1973, il est un des rares films ayant dénoncé l’armée française en Algérie. Il montre comment trois jeunes réservistes, opposés à la guerre, se retrouvent broyés au sein d’un bataillon disciplinaire. La censure exigea le retrait d’une scène de torture, et des bobines évoquant l’utilisation de la « gégène » disparurent mystérieusement.

Le film le plus célèbre de Boisset, Dupont Lajoie (1975), est une charge contre le racisme. L’année suivante, le cinéaste fut victime d’intimidations de groupes d’extrême droite, pour avoir dénoncé l’action du SAC (Service d’action civique, milice gaulliste) dans son film Le Juge Fayard dit le Shériff. Il fut même obligé de se mettre un peu au vert après ce tournage, mais il n’abandonna pas, et tourna encore de nombreux films qui furent autant de charges contre la corruption, les basses œuvres de l’État français. Yves Boisset n’est plus ; ses films restent à voir et à revoir.